Proteome-pI - Proteome Isoelectric Point Database statistics

Shewanella loihica (strain ATCC BAA-1088 / PV-4)

Taxonomy: cellular organisms; Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Alteromonadales; Shewanellaceae; Shewanella; Shewanella loihica

Average proteome isoelectric point is 6.14

Get precalculated fractions of proteins

Acidic

pI < 6.8

6.8-7.4

pI > 7.4

Basic

All

Virtual 2D-PAGE plot for 3,855 proteins (isoelectric point calculated using IPC_method)

Get csv file with sequences according given criteria:

* You can choose from 18 different methods for calculating isoelectric point

Protein with the lowest isoelectric point:

>tr|A3Q9N7|A3Q9N7_SHELP Putative outer membrane adhesin like proteiin 

MCVKKLTTVQTIDNIRYLAKKRANSCNIKNQVVSFNSAGAGMKSLVTTKNGQVIDVKGKVSLVTETEQKEVTIGEMIPEGSTILIAEQADLELAFADGTSFTSQSLNETSAAEADALNEIEQLQALIASGEDPTAELPETAAGNTAASEGDSGFISVSRTGAQTLAGAGYTTSGFSVEQPTVQAFTVSSD
DAPTITANDTNTIAEDGVATGNVLDNDVDFDTELSVVTFTVDGQTVTAGATVEVEGGSLVINADGSYTFTPNDNWNGSVPVITYTTNTGESATLTINVTPVDDPSILANDSNTIAEDTVATGNVLDNDSDIDSELSVVSFSVDGQTVTAGTTVEVEGGSLVINADGSYTFTPNDNWNGSVPVITYTTNTG
ESATLTINVTPVDDPSILANDSNTVAEDTVATGNVLDNDSDIDSELSVVSFSVDGQTVTAGTAVEVEGGSLVINADGSYTFTPNDNWNGSVPVITYTTNTGESATLTINVTPVDDTTNAVNDFNTVAEDTIASGNVLDNDSDVDDTLSVVSFEIDGNSYIAGNVATLDGGIFFLNADGSYSFVPNENWNG
NVPVVTYITNTGATATLTIVVTPVDDATSAVDDYINVPEDTVASGNVLDNDSDVDDELSVVSFEVNGNSYTAGSSVVLDGGTLVLNADGSYSFTPNADWNGYVPEVTYTTNTGATAILTIYVDPVDDATNAVNDFNTVAEDTIASGNVLDNDSDVDDTLSVVSFEIDGNSYIAGNVATLDGGIFFLNADG
SYSFVPNENWNGNVPVVTYITNTGATATLTIVVTPVDDATSAVDDYINVPEDTVASGNVLDNDSDVDDELSVVSFEVNGNSYTAGSSVVLDGGTLVLNADGSYSFTPNADWNGYVPEVTYTTNTGATAILTIYVDPVDDATNAVNDFNTVAEDTIASGNVLDNDSDVDDTLSVVSFEIDGNSYIAGNVAT
LDGGIFFLNADGSYSFVPNENWNGNVPVVTYITNTGATATLTIVVTPVDDTTNAVNDFNTIAEDTVASGNVLDNDSDIDNELSVATFTVDGEDTVYNAGESVELEGGILVLNADGSYTFTPNDNWNGSVPVVTYTTNTGDSATLTINVTPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSF
SIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEAINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVDGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEAINVNE
DSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVDGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTS
TLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTP
AANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDNNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTL
GQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVID
DTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVDGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVND
DFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVI
TYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEAINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGS
FTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDNNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQ
SFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDNNEVINVNEDSGATTGNVIDGTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVDPVNDDFTDDNEVINV
NEDSGATTGNVIDDTSVDGELSVQSFSIDGVTGPFTLGQAVNINGVGSFTLNADGSYSFTPAANYNGPVPVITYVLTDGSSTDTSTLTITVTPDNTDVANDAITVAEDTVASGNVLSNDEAGNTSVVSFTLDTDGNGSQESFTAGDSVTLAGGVLVVNSNGSYSFTPNQDWNGSVPVVTYTTNTGETATL
TITVTPDNTDVANDAITVAEDTVASGNVLSNDEAGNTSVVSFTLDTDGNGSQESFIAGDSVTLAGGVLVVNSNGSYSFTPNQDWNGSVPVVTYTTNTGETATLTITVTPDNTDVANDAITVAEDTVASGNVLSNDEAGNTSVVSFTLDTDGNGSQESFIAGDSVTLAGGVLVVNSNGSYSFTPNQDWNGS
VPVVTYTTNTGETATLTITVTPGVDGGNNVDLIVDDANTQGTATDSDSAGLSFTAGAYDVTGFAFGNIGDINVSGLDANISWSLDSSGNLIGKIDGNAVLQLSLSGSNISAGATGTVTVSVTLLDNLPHGTSVDELVINGITVVATDAANDTATGTVSVKVIDDGVTVNPLDLAGDNAAGIYDGVINVDG
ADQGFSADLSGNISGAGTFSDSGITAGGLTVFYYVDPANPSMLIAYSDTSGTPSAYDSGNSAQSVIFTLSIDPNGGTYQLDLKHAIDELSTVTVANMSGGKGGNTPAVYVTFDGTNYIIDNDINDVDPNNAMVFSLTSTVGNISSTVNGNTNGFGVANAFVDQGENLIIDYANDVASASVSFDGATYIHF
KAYDADGNLLGEGDITNGQTIGNLGEISYIEISTSSLDNHSNFQFTGTSAENIVSSTVDVDLDFVVDVTDSDGDTSTGSIHVDLDAPGSTTTAPTALTSNAVSMLSEADLYKDGTESDSQSLRFKSGSESITAFQFGDTDNIHVSGVNAKISWSFNDEGQLIGTFMGKEAIRLTLNGDRIESGEEGSVSV
TAELLASFPHNVSTENLVISGINIVGVDALGQKAVSTITVSVSDYAEAVNDSVRGTEDHDLSGNLLTNDIDPDDELSIVSFKLSGNTYQADGSTINLAEGKLSIHADGRFTFEPNLHWSGTLPQIEYLTNTGDTAILDLNVVAVADAPILSASTGDVVQGEVALDINVALVDRDGSESLTDVTIQGVPSG
VSLSAGTLNADGSWTVAVNQLGNLSIKADDSYNGDLEFTLTIKASSVEQSNSDSASSQTTLDVSLRNYHYDNGTDGDNVINGGEDNDVIVSDTTGIQVVQGENYNVAFILDSSGSMGSNRIESAKDQLLQVFNTLKASVGGATSGTVNVLLVDFNSGTKAHVAVNLADSDAISKLESVLNEISSDNGRTN
YEAAFETVIDWFSHGSAASNTGTNLTYFITDGETNNYNVDADPEDVWVYYTDNYRSGDDRTLSDLLNDYIPGKELTYRGKVIIDEYGNINYWSGYSRYDMDGRQIGSIRVDENGDYYVAKIASGYSNGNGTDVTAESEALAAFQVLNTLSNVEAIGIGSGISLNKLTPYDSDGNVATNINVSDLASIILG
SKEMLLQGDDTVNAGEGNDIVFGDLVQFDGIDGQGYAALQKYVALQLGEDASTVTIQDVHEFVAANPALFDTSRDHDGDDIIAGNQGDDILFGQGGDDELHGGSGDDMLLGGHGSDMLIGGAGEDILIGGLGDDTLTGGTGKADGEADTFVWQQGDTGTDHITDFDINQDKLDLSDLLQGENGGNLEDYL
HFTVDNGSTTIEIDANNDGHVDQTIVLDGVDLSHLGTTDGQIINGLLGSEGNGALIVDNANVNQAASSFAVPTTQDDDSQIQHLVP

Molecular weight: 497.77 kDa
Isoelectric point according different methods:

Protein with the highest isoelectric point:

>sp|A3QJT4|RL34_SHELP 50S ribosomal protein L34 

MSKRTFQPSNLKRKRSHGFRARMATVGGRKVIARRRAKGRARLSA

Molecular weight: 5.15 kDa
Isoelectric point according different methods:

General Statistics

Number of major isoforms	Number of additional isoforms	Number of all proteins	Number of amino acids	Min. Seq. Length	Max. Seq. Length	Avg. Seq. Length	Avg. Mol. Weight
3,831	24	3,855	1,301,800	34	4,836	339.8	37.5 kDa

Amino acid frequency

Ala	Cys	Asp	Glu	Phe	Gly	His	Ile	Lys	Leu	Met	Asn	Gln	Pro	Arg	Ser	Thr	Val	Trp	Tyr
9.72	1.05	5.61	6.11	3.84	7.27	2.24	5.76	4.87	10.99	2.62	3.68	4.94	4.09	4.78	6.43	5.04	6.73	1.21	3.04

Note: For statistics only major isoforms were used (in this case 3,831 proteins)
For dipeptide frequency statistics click here

See this proteome in:

Proteome-pI is available under Creative Commons Attribution-NoDerivs license, for more details see here

Reference: Kozlowski LP. Proteome-pI: proteome isoelectric point database. Nucleic Acids Res. 2016. doi: 10.1093/nar/gkw978

Contact: Lukasz P. Kozlowski